В Episode Two главные герои Гордон Фримен и Аликс Вэнс просматривают видеопослание, записанное доктором Джудит Моссман — двойным агентом, работавшим как на Сопротивление, так и на Альянс. В нём Моссман, находясь на арктической базе, сообщает об обнаружении затерянного научно-исследовательского судна «Борей», на борту которого находится опасная технология, разработанная в Лаборатории исследования природы порталов.

Исходя из сюжетных поворотов второго эпизода, основные действия Half-Life 2: Episode Three, вероятнее всего, будут происходить в Арктике, где был обнаружен «Борей», на поиски которого отправляются Гордон и Аликс с целью отыскать технологию раньше, чем до неё доберётся Альянс.