Игра InFamous характеризовалась необходимостью принимать решения в различных ситуациях, делать моральный выбор, непосредственно влияющий на дальнейшие события игры. По словам директора InFamous 2 Нэйта Фокса (Nate Fox) и арт-директора этой игры Матиаса Лоренза (Mathias Lorenz), сиквел также будет предоставлять игрокам свободу выбора. В частности, было сказано, что один простой выбор «поведет игрока по совершенно особенному пути до самого финала игры».
Непонятно, правда, насколько часто в игре будет встречаться подобный выбор. Зато уже сейчас можно представить, с чем он будет связан. Скорее всего, нужно будет выбрать, какой группировке помогать. А город New Marais в этот раз контролируется двумя формированиями: The Militia и Corrupted.
Последней организацией руководит ранее неизвестный персонаж Dr. Sebastian Wolfe, один из создателей Ray Sphere, из-за которой Коул получил свои способности.