История Gun Bros 2 начинается с того, что спустя годы после первой войны с T.O.O.L., Тиранические Угнетатели Жизни вернулись, чтобы закончить свое дело. Только агенты F.R.A.G.G.E.D Перси (Percy) и Фрэнсис (Francis) стоят у них на пути. 

В Gun Bros 2 обновится весь диапазон оружия, пистолеты, ружья, лазеры, гранатометы и прочее. Его можно будет улучшать. Теперь появятся средства передвижения с ракетными установками и инерционными ускорителями. В каждой миссии Gun Bros 2 имеется бесплатная броня - найдите ее.